2025/PYMOLを使った独自の抗がん剤スクリーニング法開発
①標的分子のターゲット空間の序列のある候補を決める
決め方長径と短径を設定しておく
蛋白の空間壁を作っているアミノ酸の種類を分類する
②①の分類毎に
リード分子を極性基の数で分類してスタートする
①ターゲット空間の決め方
ヘリックス、シートの間ではなくコネクタ部分の多いところの方がアロステリックに影響しやすい
そのような大きな空間を捜索する
手順はPYMOLでアミノ酸一次順にみてゆけばいい
そこで、最長軸を決定しそれを含む平面で最も広い面をアミノ酸の側鎖をみる
その際、一番初めに選ぶのは先端に相当するROOT分子
つぎに大事な結合部位は分子内共鳴のある酸素原子
2025年1月16日 | カテゴリー:AUTODOCK VINA , 創薬/AUTODOCK |